對生產環境的要求也越來越嚴格了，所以在食品凈化工程廠房內建造無菌室，提高產品的質量與生產效率。在無菌室使用前必須打開無菌室的紫外燈輻照滅菌30分鐘以上，并且同時打開凈臺進行吹風。

    食品凈化工程操作完畢，應及時清理無菌室，再用紫外燈輻照滅菌20分鐘。無菌室的應用廣泛，目前在半導體、光電子、生物工程等眾多行業均有應用，根據行業的精密與無塵要求，等級差別也較大。

    食品凈化工程清潔的環境還可延長凈化工作臺的使用壽命，凡與潔凈室工作無直接關系的物品一律不能放入，以利保持無菌狀態。食品凈化工程的空氣與外界空氣應隔絕，預留的通氣孔道應盡量密閉。通氣孔道可設上下氣窗，氣窗面積宜稍大，需覆上4層紗布作簡樸濾塵。在一天工作之后，可開窗充分換氣，然后再予以密閉。在凈化工作臺安裝前，要確定工作臺的安裝位置，保持潔凈室內的干燥和環境的潔凈，濕潤的空氣既會使制造材料銹蝕，還會影響電氣電路的正常工作，濕潤空氣還利于細菌、霉菌的生長。

    食品凈化工程的使用注意事項：在凈化工作臺上亦可吊裝紫外線燈，但應裝在照明燈罩之外，同時錯開照明燈平行排列，這樣在工作時不妨礙照明。若將紫外線燈裝入照明燈罩(玻璃板)里面，這是沒有用處的，由于紫外線不能穿透玻璃，燈管是石英玻璃，而不是硅酸鹽玻璃制成的。凈化工作臺進風口在背面或正面的下方，金屬網罩內有一普通泡沫塑料片或無紡布，用以阻攔大顆粒塵埃，應該經常檢查、拆洗，做好日常凈化工程的清潔工作。